通勤手当は、「その通勤に通常必要であると認められる部分の金額」である限り、遠距離通勤の場合の新幹線通勤等のように、所得税法上、非課税限度額を超えるためその一部が給与に該当する場合であっても、課税仕入れに係る支払対価になります。
　また、自転車通勤を常例とする者に支給する通勤手当は、所得税法施行令に規定する非課税限度額の範囲内の金額であれば課税仕入れに該当するものと考えます。
　しかし、徒歩通勤者に支給した通勤手当や自転車通勤者に対して、「非課税とされる通勤手当」に規定する非課税限度額を超えて支給した通勤手当は課税仕入れに該当しません。